Les élèves admis à l'école secondaire sont répartis selon les critères suivants :
- Classes hétérogènes : pour les cours communs
- Groupes de niveaux : pour les trois disciplines de base(français, mathématique et allemand). L'enseignement y est dispensé selon trois niveaux de compétence A, B et C, avec une différenciation dans les programmes, les exigences et les effectifs des groupes
- Cours à option principaux : les élèves sont répartis en 3 niveaux de compétences selon leurs niveaux dans les disciplines de base (français, mathématiques et allemand) :
- 2 --> compétences élargies (E) : AAB minimum
- 1+ --> compétences fondamentales renforcées (R) : BBC minimum
- 1 --> compétences fondamentales (F) : autres profils
- Cours à option secondaire : selon le choix de l'élèves pour la 10S et la 11S
Les élèves sont ainsi caractérisés par leur profil scolaire, par exemple ABAE (niveau A en français, B en mathématique et A en allemand, compétences Elargies).
Les transitions
Un système de transition autorise ou oblige les élèves, à échéances fixes et sous conditions, à changer de niveau et d’option :
- pendant les 12 premières semaines (période d'observation)
- au terme du 1er semestre de 9S
- à la fin de l'année scolaire 9S
- au terme du 1er semestre de 10S
- à la fin de l'année scolaire 10S
- au terme du 1er semestre de 11S
- à la fin de l'année scolaire 11S
Les transitions ascendantes
Pour les transitions ascendantes dans un niveau, il faut que :
- pendant la période d'observation, la moyenne des notes soit de 5,5 au moins
- au terme du 1er semestre de 9S, la note inscrite au bulletin est d'au moins 5 1/2
- au terme des autres semestre, la moyenne des notes de 2 semestres consécutifs soit de 5,5 au moins
Dans les cours à option principaux, il faut que le profil correct soit conservé (minimum de niveau A ou B).
Les transitions descendantes
Dans les niveaux, elles ne sont pas obligatoires en période d'observation et à la fin du 1er semestre de 9S mais parfois conseillées. Elles le sont par contre si la moyenne de deux semestres consécutifs est égale ou inférieure à 3.5 dans une discipline.
Dans les cours à option principaux, elles sont possibles à chaque terme de période si le profil n'est pas conservé (minimum de niveau A ou B). Les changements descendantes sont également obligatoires si, dans les disciplines consernées, la moyenne générale annuelle est insuffisante ou qu'il y a plus de deux notes annuelles insuffisantes.